有趣的是，那些在別處因為不同的思想不同的信仰而飽受迫害的人們，最後，都在加爾文主義統治的地區找到了庇護所。
政教分離與信仰自由的原則，起源于基督教中耶穌對弟子的教誨，成形于的新教的“因信稱義”教義。
在基督教史上，最先對政教分離原則提出來的，是耶穌。據《聖經》記載，在回答法利賽人提出的是否應該向皇帝納稅的時候，耶穌回答說，“凱撒的歸凱撒，上帝的歸上帝”。眾所周知，凱撒，是耶穌時代羅馬皇帝的稱呼，在這里，凱撒代表世俗政府，上帝代表宗教，這句話的意思可以理解為“政府的歸政府，上帝的歸上帝”。這句話，被後來的新教徒認為是政教分離原則的教義依據。
早期的基督教徒忠實地執行了政教分離的原則，他們從來沒有嘗試去干涉政府的世俗權利，或者嘗試去讓教會行使政府的權利，很長一段時間，基督教僅僅作為民間信仰在社會流傳。到了羅馬帝國的晚期，從基督教皇帝君士坦丁開始，基督教成了國家支持和維護的宗教，開始了與政權的結合。以後的皇帝也看到了基督教的可利用價值，開始尊基督教為國教。這個時代的政教結合，還僅僅是政權對教權的干預，反映著基督教作為民間信仰承受政權壓迫的傳統，政權力量優越于教權，教權則對皇權的世俗事物尚無實質的影響，皇帝除了在精神上受宗教的影響之外，不讓教會人士干涉世俗的統治，也不會給教會以世俗的權利。比如君士坦丁時代，君士坦丁就稱自己為主教中的主教，並且在君士坦丁的主持下，教會平息了教義的爭論，形成了著名的尼西亞信經。
發展到了天主教時代，天主教的教義中因為包含有“因行為稱義”的思想，以及因為歐洲的王權的宗教結合的需要，基督教開始了與政權的密切愈合，王權的代表者往往就是教權的首領，執掌和管理著教會，或者教會被賦予了相當程度的世俗權力，成為近似于政教合一的宗教。
天主教成為政教合一的宗教，一個很重要的原因，是因為天主教的教義中包含有“人因行為稱義”的思想。
傳統天主教盡管起初受奧古斯丁的教義詮釋影響很大，但在以後的發展中，逐漸接受了帕拉糾主義的人“因行為稱義”的思想。人能“因為行為而稱義”，意思是人通過善行可以在上帝面前稱義，即通過各種宗教儀式、善行、贖罪行為等等來獲得救贖。因此，天主教在其宗教實踐中，非常注重人的行為的公義性，注重信徒的修道修養，要求信徒行善，做好事，多捐款。極端的例子，是在中世紀天主教發行的贖罪券，那時，天主教讓人相信，人可以通過買贖罪券而獲得靈魂的救贖。教士說︰“當听到錢進箱子的叮當相聲的時候，一個靈魂就因此得救了”。此外，天主教還注重禮拜時的繁瑣的宗教儀式，認為遵守這些儀式也是得救的必要程序。
因為相信“因行為稱義”，相信行為的正當是得救的手段，因此，天主教傾向于嚴厲地約束信徒的行為。中世紀的修道院要求修道士進行刻苦的修行，遵行嚴厲的紀律。
同樣，因為“因行為稱義”的教義，教會也渴望能夠在社會上約束世俗百姓的行為，以使世人能通過善行獲得的救贖，以建立世上的基督教王國。
這種渴望經常變成對權力的渴望，因為只有政權才具有約束百姓行為的權利。這是教會與政權結合的思想基礎，也是教權當初渴望與政權結合的動機。
天主教的政教合一的局面的產生，是一個漫長的政教愈合的過程，有著很復雜的因素。在天主教方面，“人因行為稱義”的教義，是促使政教合一的教理基礎；在政權方面，也有著與教權結合的渴望，因為通過君權神授的理論可以獲得政權的正統性。兩個可以相互利用的勢力結合在一起，形成了中世紀的政教合一的局面。
如同基督新教的英文字意Protestantism所表達的一樣，作為天主教的抗議派而產生的新教，在“人因何在上帝面前稱義”的問題上，也有著與天主教截然不同的看法。
基督教新教的最基本的教義是人“借著恩典，因信稱義”，就是主張，人“本著恩典，因著信仰，被神救贖”。這個教義引導信教徒主張政教分離和信仰自由。
這個教義的基本邏輯是，因為人的本性的不可救藥的墮落，所以人的行為都帶有罪性。人做一件好事或一些好事都不能掩飾其行為、或人的整體的罪性，甚至所謂好事也往往出于人的自利自滿自傲等罪性，也不是真正的好事。比如，有許多人的捐助或舍施或幫助他人，是為了滿足自己的優越感，甚至是一種自我宣傳，而不是來自內心的真正的善行等等。因此，人僅僅靠自己和自己的行為是擺脫不了罪性，也就擺脫不了靈魂的滅亡。
這個教義說，人的稱義和獲得救贖，依靠上帝的恩典。救贖來自上帝，來自于上帝對人的憐憫。從人的墮落程度來講，雖然沒有一個人是能夠得到救贖，但上帝對人有充分的恩典，有充分的憐憫，上帝將救贖作為一種恩典賜給人們。
那麼，救贖怎樣體現呢？這個教義說，救贖體現在這樣一個事實上，就是，上帝作為人子，降臨于世，在十字架上替他們死一回，替他們贖罪；並且將聖靈賜給信仰上帝本身替人贖罪這一事實的人，讓他們靠著這個信仰，得到來自上帝的聖靈，使他們因聖靈充滿而棄絕罪性，成為再造的新人，從而使身體和靈魂獲得救贖。這個救贖意味著身體不再受罪念的困擾，而靈魂則可以不死，並上天堂。
也就是說，他們“本著恩典，因為信仰”而被救贖。
《聖經》的《羅馬書》說“義人因信而生”，人“因信稱義”，說的就是這個意思。
新教徒反對並批判天主教的“人能通過贖罪善行等行為”獲救的思想，馬丁路德在《論基督徒的自由》一書中說︰“任何沒有信仰的行為，都將受到詛咒”。
新教的“人因信稱義”和“信仰乃是上帝的恩賜”的教義，使得新教不傾向于約束人的世俗行為，因為在新教看來，善行來自于信仰，來自于上帝，是聖靈在人的內心做工的結果。人去約束的人行為是沒有用的，天主教的實踐證明是約束不了的，只有依靠上帝，只有上帝才能真正讓人行善。因此，新教認為，真正的基督徒是沒必要遵守教義上的清規戒律的，有了上帝賜與的聖靈，人的行為自然就體現了上帝的善，就可以“隨心所欲而不逾矩了”。保羅說，“哪里有聖靈，哪里就有自由”，指的就是基督徒擺脫宗教律法約束的自由。
新教因為不傾向約束人的行為，也就缺乏與政府結合的欲望，缺乏獲得世俗權力的欲望。
同時，因信稱義的教義導致的一個直接結論，就是，既然信仰是上帝賜與的，是上帝親自做功的結果，那麼，信仰在本質上是信徒與上帝之間的事，與政府沒有任何關系。
此外，新教這個教義還導致了信仰的個人主義，信仰的個人主義認為，既然信仰是上帝賜與的，那麼，在信仰生活中，重要的就是個人，個人才是上帝所賜信仰的載體，個人的靈魂是上帝拯救的對象。上帝通過聖靈在個人心靈做功，個人也通過聖靈與上帝直接溝通，這樣，在個人與上帝之間，不再存在神父等中間環節，而每一個信徒都是祭司。
每一個信徒都是祭司的教義意味著，在信仰上，除了《聖經》和聖靈之外，沒有任何權威和信靠，無論政府還是教會的領袖，也就是說，政府和教會的領袖都不能強迫別人的信仰和搞宗教迫害。
依據這些教義，新教徒主張政經分離。作為新教的始作俑者，馬丁路得通過對耶穌的“凱撒的歸凱撒，上帝的歸上帝”的教義的詮釋，闡述了政教分離的意義，他說︰
教會與政府分屬兩個不同的王國，教會管的是屬靈的領域，教會通過傳播福音，來給人帶來屬靈的公義性。政府管的則是世俗的領域，政府通過揚善懲惡來保證社會的和平和秩序，它不可能給人帶來屬靈的公義。政府的唯一任務是專注世俗的秩序，教會的唯一任務則是宣講和教導耶穌基督的福音。它們兩者在人的生活中承擔不同的功能，分管不同的領域。
同樣，依據這些教義，新教徒主張信仰自由。既然“信仰是上帝的恩賜”，來自于上帝，那麼，個人和團體就不能限制別人的信仰。新教徒說，當年耶穌在傳播福音的時候，對不信者也並沒有強制，他只是通過教訓和傳道讓人們悔改，並沒有訴諸任何強制力。馬丁路德在給德意志親王的信中說︰“政府的職能不是禁止或教導人們宣講自己想要的東西－－無論是福音還是謊言”。
新教徒對政教分離和宗教自由的執著，還源于自己在天主教統治下遭受長期迫害的體驗，以及對天主教長期政教合一體制所帶來弊端的反省。這些弊端，在新教徒看來，都有害于信仰。
首先，政教合一帶來的最為明顯的弊端，是宗教迫害，而宗教迫害會使信仰帶有屈從或偽裝色彩，從而有損信仰的真實性。
基督教在獲得政權的支持之前，內部的正統與異端的斗爭僅限于教義的爭論，並沒有血淋淋的宗教迫害。在原始教會時期對諾斯替主義的排除，在教父時代的“三位一體”信仰的確立，都沒有伴隨對異端的肉體的壓制。在基督教成為羅馬的國教之後，因為與國家權力的結合，教義之爭逐漸演變為宗教迫害，教會的控制者為維持自己教義的正統性開始用暴力對待異端。在中世紀，天主教獲得了對歐洲社會的政治、文化、思想的絕對支配之後，宗教迫害發展為統治者對整個社會的所有持異見者的全面壓制，魔女裁判、異端裁判、火刑成了這個時代的特色。中世紀末期，基督新教因為對天主教的世俗以及神學權威提出了抗議和挑戰，成了天主教剿殺異端的最大規模的犧牲品。在幾百年的天主教的對基督新教的迫害中，有大量的新教徒被屠殺，僅在1572年8月23日一個夜晚，新教的胡格諾教派就在巴黎被天主教的國家勢力屠殺了2000多人。著名作家斯邁爾斯寫的《信仰的力量》一書，詳細地記載了法國天主教徒動用國家力量對新教徒實施的迫害，上萬的人被屠殺，流放，禁錮，或被剝奪財產。
在天主教對新教的迫害中，雖然有許多新教徒為信仰不屈地獻了身，但也有許多新教教徒為保全生命或財產，不得不宣布放棄了新教信仰，重新皈依天主教，但實質上，這些教徒中，有許多人仍然保守著自己的新教信仰和新教的宗教儀式，背著人群舉行自己的宗教聚會；或者雖然被武力迫使放棄了新教信仰，但也無法回歸天主教而找不到信仰。
因此，新教徒們在長期的遭受迫害的歷史中認識到︰國家權力的強制只能使信仰帶有偽裝或屈從色彩，不是來自靈魂的真正的信仰。
其次，政教合一的另一個弊端，就是教會與政權結合會產生巨大的世俗利益，而這種世俗利益會使得信仰趨于形式化和帶有功利主義目的。
在政教合一的體制下，作為神聖權威與世俗權威的相互交換和利用，教會賦予了統治者以正統性，政權則給了教權以大量的土地和其他的世俗的好處和財富。教會因為與政權的結合而成了社會的特權機構，教權階層也成了享有特權的富裕的貴族階層。隨這種現象而來的，是教會向功利主義機構的蛻化以及信仰的形式化和功利化，許多教士也變成了趨利好財之徒，而不再是神的僕人。比如，原先在宗教儀式中許多代表信仰的活動變成了盈利指向的行動，當時的發行贖罪券和一些其它的宗教行為，直接就是賺錢的行為，某教皇在過足了榮華富貴的日子之後，在死之前竟聲稱自己實際上並不信上帝。
新教徒因此也認識到︰國家權力與宗教結合會導致權力對信仰的腐蝕，權力派生的世俗利益讓靈魂直接成了世俗利益的奴僕，信仰由此變成了通向世俗利益的階梯，而不再是真正的信仰。因此，受權力腐蝕的信仰只能是帶有功利主義的假信仰。
天主教近千年的政教合一的實踐證明，政教合一的體制與信仰無益，反而有害于信仰。
主張政教分離，是新教的一個特色，新教在本質上都是主政教分離的，因為這是它基本教義所導致的必然結論。路德闡述了政教分離的教理和《聖經》依據之後，眾多的新教教派在因信稱義的教義基礎之上以及對天主教的政教合一的傳統的反省基礎之上，主張政教分離。
路德之後在德國興起的敬虔主義運動，是對以後的新教造成很大影響宗教運動，現在的北美的大多數新教教派都很大程度地受了敬虔主義的影響。比如在北美具有眾多教友的聖公會、長老會、浸道會、衛理宗等等，都吸收了敬虔主義的教義，一些大的教會支派直接就是敬虔主義的分支，如聖潔會、五旬節派、靈恩派、拿撒勒派、靈召會等等。敬虔主義的一個很大的特色就是主張徹底的政教分離，該教派的創始人之一施本爾把政教合一稱為凱撒教宗主義，認為是天主教的惡劣傳統。另一位創始人親岑道夫主張，國家不能強制宗教信念或習俗，良心具有完全的自由，政府與教會應該完全獨立。
新教的再洗禮派是激進的政教分離和信教自由的主張者。再洗禮派現在在北美也很有影響，它的一些主張現在在新教界都成了理所當然的見解，如成人洗禮、反對教會內的迫害異端的做法等等，門諾派教會直接是他的延續。再洗禮派把政教合一稱為君士坦丁主義，認為任何教會與政府的官方關系是不合法的，因為耶穌和使徒從頭到尾都沒有認可這種關系。
此外，靈修派、以及現在仍有較大影響的一位神論等，都對政教分離的原則做過闡述。
西方世界自天主教確立起絕對的統治以來，信仰被天主教所鉗制，社會上沒有什麼宗教和信仰自由。在天主教統治的末期，由于新教對政教分離和信仰自由的原則的理解和信奉，信仰自由的局面在新教國家瑞士首先出現。
瑞士日內瓦在宗教改革時期是一個獨立的城市，城市政府的領導人迎接當時的新教思想家加爾文來日內瓦幫助完成宗教改革，于是加爾文成了日內瓦的牧師。由于加爾文教義的嚴謹無懈可擊的說服力，以及政府部門對加爾文的近似崇拜程度的信仰，加爾文對日內瓦的政治經濟和社會生活產生了巨大的影響，使得日內瓦成了嚴格履行加爾文教義的城市國家，加爾文的教義在日內瓦得到徹底的普及，並通過日內瓦對歐洲產生了巨大影響，日內瓦因此成為宗教改革的中心。
加爾文的嚴厲的個性、對自身教義的幾乎偏執的自信、以及政界人士對加爾文的信賴，使得日內瓦的政權近乎稱為加爾文的奴僕。加爾文的教義也嚴厲地約束了日內瓦人民的世俗生活，這讓當時及後世的新教教派指責加爾文建立了一個政教合一的政權。實際上，這是在革命中不可避免地出現的對精神領袖的狂信和崇拜所導致的局面，加爾文終生沒有擔任日內瓦的任何政府職務，一直是教會的牧師，政府官員也沒有被允許擔任教職，在體制上，政權與教權是分開的，不像天主教的政教合一，國教的最高領袖往往直接就是政治領袖。
加爾文死後，日內瓦再沒出現像加爾文這樣具有強烈個人影響力的精神領袖，于是，由于新教思想的普及和深入人心，由于新教中固有政教分離的教義，日內瓦無可遏制地形成了在天主教以來歐洲首次看到的宗教寬容的局面，成為全歐洲信仰環境最為自由的地區，也成為歐洲的宗教迫害的避難所，眾多的人為躲避宗教迫害而躲到日內瓦來，包括在歐洲鼓吹唯物主義而受到通緝的著名思想家伏爾泰，伏爾泰的唯物主義在當時被所有基督教教派視為敵人，不論是天主教還是新教都把將它視為魔鬼，但在日內瓦，伏爾泰受到了日內瓦新教政權的庇護。
著名奧地利作家茨威格說︰“那些在別處因為不同的思想不同的信仰而飽受迫害的人們，最後，都在加爾文主義統治的地區找到了庇護所”。
茨威格實際上是厭惡新教而同情天主教的，但他對日內瓦國家的宗教自由局面的描寫卻很客觀。
以後，隨著加爾文主義在歐洲的擴展，歐洲爆發了多次加爾文宗與天主教之間的戰爭，最為著名的是三十年宗教戰爭。戰爭之後，在天主教無法消滅新教的情況下，歐洲逐漸開始了普及政教分離制度的過程。
美國的政教分離的原則和信仰自由的原則，來源于新教教徒的這種宗教信念。
作為新教徒創立的國家，在美國，主要的基督教教派都主張政教分離，除了沿襲了英國國教傳統的聖公會以外，幾大在殖民地有影響的教派如公理會、浸信會、衛理公會、再洗禮派等，都是政教分離的支持者。
美國的建國者們在制定憲法草案時規定︰“國會不會制定出一種推崇某種宗教或禁止信仰自由的法律”。在正式的憲法中也導入了政教分離的原則，這正是新教政教分離和信仰自由理念的政治實踐。世俗歷史學家貝雷（Thomas Bailey）看到了新教的信仰自由思想對美國憲法的影響，因此，在其關于美國建國史的巨著中，稱馬丁路德是“美利堅非直接的建國之父”。美國的社會學家施密特說，“建國者們確立政教分離的原則，不是因為在他們眼里宗教不重要，而是太重要了”。
現在，政教分離已經成為美國政治生活的一個基本原則和社會生活的一個習俗。除了福音派中的一些右派團體之外，一般美國人都能對政教分離的必要和原委有相當程度的理解。在前面的論述中，由于涉及到宗教教義，可能對一些讀者來說比較難懂，如果除去難解的宗教教義，把美國人對政教分離和信仰自由的理解作一個通俗的描述，那麼，可以描述成這樣︰
由于新教使得美國人把信仰看成完全是上帝對個人的恩賜，因此，信仰在美國人看來也就是與政府無關的事情，是任何一個人或者團體都不能干涉的事情。政府在美國人看來，僅僅是人民雇來管理公共事務的公務機構，負責國防、治安、衛生等公務，也就是負責處理好人民世俗生活中的公務部分。如果這個公務機構還強迫百姓來信仰某個宗教或干涉百姓的信仰，那麼，就是超越自己的職權範圍並且在干涉公民信仰生活了。
這種感覺如果用中國人熟悉的詞語來打個比方，就是，在美國人眼里，美國這個國家，相當于一個大的社區，人民是住在這里的業主，政府則是人民也就是業主雇佣來的物業公司。物業公司也就是政府主要負責修理和維護設施、打掃垃圾、保護社區安全等工作，信仰則是上帝賜給業主個人的恩賜，是居民個人與上帝之間的個人的溝通，因此，與這個物業公司毫無關系。假如這個物業公司還強迫或誘導業主來信仰某個宗教，如物業老板所信的某個教或某大法大功之類，那麼，這個物業公司就是超越自己的工作範圍行為荒誕而且不倫不類了。
這就是美國人對政教分離和信仰自由的感覺，也其實是政教分離和信仰自由的原則的本質。這種感覺在美國人身上已經內化為一種常識，內化為一種天經地義的道理，但如前所述，獲得這種感覺和明白這個道理，則牽涉到長期的宗教教理之爭和政治制度之爭，花費了近千年工夫。
政教分離的原則起源于新教的宗教理念，沒有經過新教的洗禮而接受現代政教分離政治制度的國家，往往把握不住這種感覺，要麼有時政治家將信仰作為一種時髦來顯擺，要麼就冒犯政教分離原則而做出教化政治的舉措。比如，日本的一些領導人，估計就沒有理解政教分離的意義和本質，常常以公務身份如總理大臣等身份參拜靖國神社，並在國際場合解釋這種行為的時候說“這是我個人精神上事情”，這聽起來就有些滑稽，自相矛盾。如果以個人身份，那確實是個人問題，但因此就不應該以公職身份參拜。如果以公職身份參拜，就不是個人問題了，而是一種公務行為，是代表著這政府，這就違背了政教分離的原則，也就不是個人的精神的問題了。近來日本憲法又要允許政治家以公職參與一定的宗教活動，那就顯得更缺乏對近代國家基本原則的理解，也就相當于讓物業公司的人員在小區內以物業公司的名義從事宗教活動，那物業公司也就脫離了它的服務性和公務性本質，脫離了它的原來的宗旨，這將給日本國家的民主政治帶來無窮後患。
政教分離和信仰自由的原則作為現代開明國家的立法原則一旦被確立，出人預料地表現出了它的現實的世俗功效，給政府帶來了現實的巨大好處，這個好處就是︰政府因此得以專心致志地處理世俗事務，致力于社會管理和服務水平的提高，而不必卷入宗教的教義之爭；或者因為偏袒某教派而導致國家在政治上和國土上的分裂。
這個好處體現在大英帝國身上，讓世人一攬無遺。大英帝國作為新教國家，在殖民地國家執行了政教分離的政策，承認殖民地國家百姓的信仰自由，沒有以政權強制力的方式去改變阿拉伯世界的伊斯蘭教，也沒有以政府強制力的方式讓印度成為基督教國，因此，大英帝國不曾面臨來自宗教上的反叛或其他壓力煩惱，從而長期地維持了從北美洲到亞洲、再到阿拉伯半島的廣袤的日不落帝國。
政教分離和信仰自由的原則的這些現實功效，政治家們有目共睹，于是它們在近代開明國家之間迅速地普及開來，據此之故，世俗派學者認為這兩個原則起源于近代政治的現代化和世俗化，是實現了政治的現代化並且和社會世俗化的國家的立法表現。但其實，如上所述，其真正的起源還是基督教宗教變革，反映的是宗教改革中產生的基督新教的理念，及其 “因信稱義”的教義。
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分類：信仰與政治