有趣的是，那些在别处因为不同的思想不同的信仰而饱受迫害的人们，最后，都在加尔文主义统治的地区找到了庇护所。
政教分离与信仰自由的原则，起源于基督教中耶稣对弟子的教诲，成形于的新教的“因信称义”教义。
在基督教史上，最先对政教分离原则提出来的，是耶稣。据《圣经》记载，在回答法利赛人提出的是否应该向皇帝纳税的时候，耶稣回答说，“凯撒的归凯撒，上帝的归上帝”。众所周知，凯撒，是耶稣时代罗马皇帝的称呼，在这里，凯撒代表世俗政府，上帝代表宗教，这句话的意思可以理解为“政府的归政府，上帝的归上帝”。这句话，被后来的新教徒认为是政教分离原则的教义依据。
早期的基督教徒忠实地执行了政教分离的原则，他们从来没有尝试去干涉政府的世俗权利，或者尝试去让教会行使政府的权利，很长一段时间，基督教仅仅作为民间信仰在社会流传。到了罗马帝国的晚期，从基督教皇帝君士坦丁开始，基督教成了国家支持和维护的宗教，开始了与政权的结合。以后的皇帝也看到了基督教的可利用价值，开始尊基督教为国教。这个时代的政教结合，还仅仅是政权对教权的干预，反映著基督教作为民间信仰承受政权压迫的传统，政权力量优越于教权，教权则对皇权的世俗事物尚无实质的影响，皇帝除了在精神上受宗教的影响之外，不让教会人士干涉世俗的统治，也不会给教会以世俗的权利。比如君士坦丁时代，君士坦丁就称自己为主教中的主教，并且在君士坦丁的主持下，教会平息了教义的争论，形成了著名的尼西亚信经。
发展到了天主教时代，天主教的教义中因为包含有“因行为称义”的思想，以及因为欧洲的王权的宗教结合的需要，基督教开始了与政权的密切愈合，王权的代表者往往就是教权的首领，执掌和管理著教会，或者教会被赋予了相当程度的世俗权力，成为近似于政教合一的宗教。
天主教成为政教合一的宗教，一个很重要的原因，是因为天主教的教义中包含有“人因行为称义”的思想。
传统天主教尽管起初受奥古斯丁的教义诠释影响很大，但在以后的发展中，逐渐接受了帕拉纠主义的人“因行为称义”的思想。人能“因为行为而称义”，意思是人通过善行可以在上帝面前称义，即通过各种宗教仪式、善行、赎罪行为等等来获得救赎。因此，天主教在其宗教实践中，非常注重人的行为的公义性，注重信徒的修道修养，要求信徒行善，做好事，多捐款。极端的例子，是在中世纪天主教发行的赎罪券，那时，天主教让人相信，人可以通过买赎罪券而获得灵魂的救赎。教士说︰“当听到钱进箱子的叮当相声的时候，一个灵魂就因此得救了”。此外，天主教还注重礼拜时的繁琐的宗教仪式，认为遵守这些仪式也是得救的必要程序。
因为相信“因行为称义”，相信行为的正当是得救的手段，因此，天主教倾向于严厉地约束信徒的行为。中世纪的修道院要求修道士进行刻苦的修行，遵行严厉的纪律。
同样，因为“因行为称义”的教义，教会也渴望能够在社会上约束世俗百姓的行为，以使世人能通过善行获得的救赎，以建立世上的基督教王国。
这种渴望经常变成对权力的渴望，因为只有政权才具有约束百姓行为的权利。这是教会与政权结合的思想基础，也是教权当初渴望与政权结合的动机。
天主教的政教合一的局面的产生，是一个漫长的政教愈合的过程，有著很复杂的因素。在天主教方面，“人因行为称义”的教义，是促使政教合一的教理基础；在政权方面，也有著与教权结合的渴望，因为通过君权神授的理论可以获得政权的正统性。两个可以相互利用的势力结合在一起，形成了中世纪的政教合一的局面。
如同基督新教的英文字意Protestantism所表达的一样，作为天主教的抗议派而产生的新教，在“人因何在上帝面前称义”的问题上，也有著与天主教截然不同的看法。
基督教新教的最基本的教义是人“借著恩典，因信称义”，就是主张，人“本著恩典，因著信仰，被神救赎”。这个教义引导信教徒主张政教分离和信仰自由。
这个教义的基本逻辑是，因为人的本性的不可救药的堕落，所以人的行为都带有罪性。人做一件好事或一些好事都不能掩饰其行为、或人的整体的罪性，甚至所谓好事也往往出于人的自利自满自傲等罪性，也不是真正的好事。比如，有许多人的捐助或舍施或帮助他人，是为了满足自己的优越感，甚至是一种自我宣传，而不是来自内心的真正的善行等等。因此，人仅仅靠自己和自己的行为是摆脱不了罪性，也就摆脱不了灵魂的灭亡。
这个教义说，人的称义和获得救赎，依靠上帝的恩典。救赎来自上帝，来自于上帝对人的怜悯。从人的堕落程度来讲，虽然没有一个人是能够得到救赎，但上帝对人有充分的恩典，有充分的怜悯，上帝将救赎作为一种恩典赐给人们。
那么，救赎怎样体现呢？这个教义说，救赎体现在这样一个事实上，就是，上帝作为人子，降临于世，在十字架上替他们死一回，替他们赎罪；并且将圣灵赐给信仰上帝本身替人赎罪这一事实的人，让他们靠著这个信仰，得到来自上帝的圣灵，使他们因圣灵充满而弃绝罪性，成为再造的新人，从而使身体和灵魂获得救赎。这个救赎意味著身体不再受罪念的困扰，而灵魂则可以不死，并上天堂。
也就是说，他们“本著恩典，因为信仰”而被救赎。
《圣经》的《罗马书》说“义人因信而生”，人“因信称义”，说的就是这个意思。
新教徒反对并批判天主教的“人能通过赎罪善行等行为”获救的思想，马丁路德在《论基督徒的自由》一书中说︰“任何没有信仰的行为，都将受到诅咒”。
新教的“人因信称义”和“信仰乃是上帝的恩赐”的教义，使得新教不倾向于约束人的世俗行为，因为在新教看来，善行来自于信仰，来自于上帝，是圣灵在人的内心做工的结果。人去约束的人行为是没有用的，天主教的实践证明是约束不了的，只有依靠上帝，只有上帝才能真正让人行善。因此，新教认为，真正的基督徒是没必要遵守教义上的清规戒律的，有了上帝赐与的圣灵，人的行为自然就体现了上帝的善，就可以“随心所欲而不逾矩了”。保罗说，“哪里有圣灵，哪里就有自由”，指的就是基督徒摆脱宗教律法约束的自由。
新教因为不倾向约束人的行为，也就缺乏与政府结合的欲望，缺乏获得世俗权力的欲望。
同时，因信称义的教义导致的一个直接结论，就是，既然信仰是上帝赐与的，是上帝亲自做功的结果，那么，信仰在本质上是信徒与上帝之间的事，与政府没有任何关系。
此外，新教这个教义还导致了信仰的个人主义，信仰的个人主义认为，既然信仰是上帝赐与的，那么，在信仰生活中，重要的就是个人，个人才是上帝所赐信仰的载体，个人的灵魂是上帝拯救的对象。上帝通过圣灵在个人心灵做功，个人也通过圣灵与上帝直接沟通，这样，在个人与上帝之间，不再存在神父等中间环节，而每一个信徒都是祭司。
每一个信徒都是祭司的教义意味著，在信仰上，除了《圣经》和圣灵之外，没有任何权威和信靠，无论政府还是教会的领袖，也就是说，政府和教会的领袖都不能强迫别人的信仰和搞宗教迫害。
依据这些教义，新教徒主张政经分离。作为新教的始作俑者，马丁路得通过对耶稣的“凯撒的归凯撒，上帝的归上帝”的教义的诠释，阐述了政教分离的意义，他说︰
教会与政府分属两个不同的王国，教会管的是属灵的领域，教会通过传播福音，来给人带来属灵的公义性。政府管的则是世俗的领域，政府通过扬善惩恶来保证社会的和平和秩序，它不可能给人带来属灵的公义。政府的唯一任务是专注世俗的秩序，教会的唯一任务则是宣讲和教导耶稣基督的福音。它们两者在人的生活中承担不同的功能，分管不同的领域。
同样，依据这些教义，新教徒主张信仰自由。既然“信仰是上帝的恩赐”，来自于上帝，那么，个人和团体就不能限制别人的信仰。新教徒说，当年耶稣在传播福音的时候，对不信者也并没有强制，他只是通过教训和传道让人们悔改，并没有诉诸任何强制力。马丁路德在给德意志亲王的信中说︰“政府的职能不是禁止或教导人们宣讲自己想要的东西－－无论是福音还是谎言”。
新教徒对政教分离和宗教自由的执著，还源于自己在天主教统治下遭受长期迫害的体验，以及对天主教长期政教合一体制所带来弊端的反省。这些弊端，在新教徒看来，都有害于信仰。
首先，政教合一带来的最为明显的弊端，是宗教迫害，而宗教迫害会使信仰带有屈从或伪装色彩，从而有损信仰的真实性。
基督教在获得政权的支持之前，内部的正统与异端的斗争仅限于教义的争论，并没有血淋淋的宗教迫害。在原始教会时期对诺斯替主义的排除，在教父时代的“三位一体”信仰的确立，都没有伴随对异端的肉体的压制。在基督教成为罗马的国教之后，因为与国家权力的结合，教义之争逐渐演变为宗教迫害，教会的控制者为维持自己教义的正统性开始用暴力对待异端。在中世纪，天主教获得了对欧洲社会的政治、文化、思想的绝对支配之后，宗教迫害发展为统治者对整个社会的所有持异见者的全面压制，魔女裁判、异端裁判、火刑成了这个时代的特色。中世纪末期，基督新教因为对天主教的世俗以及神学权威提出了抗议和挑战，成了天主教剿杀异端的最大规模的牺牲品。在几百年的天主教的对基督新教的迫害中，有大量的新教徒被屠杀，仅在1572年8月23日一个夜晚，新教的胡格诺教派就在巴黎被天主教的国家势力屠杀了2000多人。著名作家斯迈尔斯写的《信仰的力量》一书，详细地记载了法国天主教徒动用国家力量对新教徒实施的迫害，上万的人被屠杀，流放，禁锢，或被剥夺财产。
在天主教对新教的迫害中，虽然有许多新教徒为信仰不屈地献了身，但也有许多新教教徒为保全生命或财产，不得不宣布放弃了新教信仰，重新皈依天主教，但实质上，这些教徒中，有许多人仍然保守著自己的新教信仰和新教的宗教仪式，背著人群举行自己的宗教聚会；或者虽然被武力迫使放弃了新教信仰，但也无法回归天主教而找不到信仰。
因此，新教徒们在长期的遭受迫害的历史中认识到︰国家权力的强制只能使信仰带有伪装或屈从色彩，不是来自灵魂的真正的信仰。
其次，政教合一的另一个弊端，就是教会与政权结合会产生巨大的世俗利益，而这种世俗利益会使得信仰趋于形式化和带有功利主义目的。
在政教合一的体制下，作为神圣权威与世俗权威的相互交换和利用，教会赋予了统治者以正统性，政权则给了教权以大量的土地和其他的世俗的好处和财富。教会因为与政权的结合而成了社会的特权机构，教权阶层也成了享有特权的富裕的贵族阶层。随这种现象而来的，是教会向功利主义机构的蜕化以及信仰的形式化和功利化，许多教士也变成了趋利好财之徒，而不再是神的仆人。比如，原先在宗教仪式中许多代表信仰的活动变成了盈利指向的行动，当时的发行赎罪券和一些其它的宗教行为，直接就是赚钱的行为，某教皇在过足了荣华富贵的日子之后，在死之前竟声称自己实际上并不信上帝。
新教徒因此也认识到︰国家权力与宗教结合会导致权力对信仰的腐蚀，权力派生的世俗利益让灵魂直接成了世俗利益的奴仆，信仰由此变成了通向世俗利益的阶梯，而不再是真正的信仰。因此，受权力腐蚀的信仰只能是带有功利主义的假信仰。
天主教近千年的政教合一的实践证明，政教合一的体制与信仰无益，反而有害于信仰。
主张政教分离，是新教的一个特色，新教在本质上都是主政教分离的，因为这是它基本教义所导致的必然结论。路德阐述了政教分离的教理和《圣经》依据之后，众多的新教教派在因信称义的教义基础之上以及对天主教的政教合一的传统的反省基础之上，主张政教分离。
路德之后在德国兴起的敬虔主义运动，是对以后的新教造成很大影响宗教运动，现在的北美的大多数新教教派都很大程度地受了敬虔主义的影响。比如在北美具有众多教友的圣公会、长老会、浸道会、卫理宗等等，都吸收了敬虔主义的教义，一些大的教会支派直接就是敬虔主义的分支，如圣洁会、五旬节派、灵恩派、拿撒勒派、灵召会等等。敬虔主义的一个很大的特色就是主张彻底的政教分离，该教派的创始人之一施本尔把政教合一称为凯撒教宗主义，认为是天主教的恶劣传统。另一位创始人亲岑道夫主张，国家不能强制宗教信念或习俗，良心具有完全的自由，政府与教会应该完全独立。
新教的再洗礼派是激进的政教分离和信教自由的主张者。再洗礼派现在在北美也很有影响，它的一些主张现在在新教界都成了理所当然的见解，如成人洗礼、反对教会内的迫害异端的做法等等，门诺派教会直接是他的延续。再洗礼派把政教合一称为君士坦丁主义，认为任何教会与政府的官方关系是不合法的，因为耶稣和使徒从头到尾都没有认可这种关系。
此外，灵修派、以及现在仍有较大影响的一位神论等，都对政教分离的原则做过阐述。
西方世界自天主教确立起绝对的统治以来，信仰被天主教所钳制，社会上没有什么宗教和信仰自由。在天主教统治的末期，由于新教对政教分离和信仰自由的原则的理解和信奉，信仰自由的局面在新教国家瑞士首先出现。
瑞士日内瓦在宗教改革时期是一个独立的城市，城市政府的领导人迎接当时的新教思想家加尔文来日内瓦帮助完成宗教改革，于是加尔文成了日内瓦的牧师。由于加尔文教义的严谨无懈可击的说服力，以及政府部门对加尔文的近似崇拜程度的信仰，加尔文对日内瓦的政治经济和社会生活产生了巨大的影响，使得日内瓦成了严格履行加尔文教义的城市国家，加尔文的教义在日内瓦得到彻底的普及，并通过日内瓦对欧洲产生了巨大影响，日内瓦因此成为宗教改革的中心。
加尔文的严厉的个性、对自身教义的几乎偏执的自信、以及政界人士对加尔文的信赖，使得日内瓦的政权近乎称为加尔文的奴仆。加尔文的教义也严厉地约束了日内瓦人民的世俗生活，这让当时及后世的新教教派指责加尔文建立了一个政教合一的政权。实际上，这是在革命中不可避免地出现的对精神领袖的狂信和崇拜所导致的局面，加尔文终生没有担任日内瓦的任何政府职务，一直是教会的牧师，政府官员也没有被允许担任教职，在体制上，政权与教权是分开的，不像天主教的政教合一，国教的最高领袖往往直接就是政治领袖。
加尔文死后，日内瓦再没出现像加尔文这样具有强烈个人影响力的精神领袖，于是，由于新教思想的普及和深入人心，由于新教中固有政教分离的教义，日内瓦无可遏制地形成了在天主教以来欧洲首次看到的宗教宽容的局面，成为全欧洲信仰环境最为自由的地区，也成为欧洲的宗教迫害的避难所，众多的人为躲避宗教迫害而躲到日内瓦来，包括在欧洲鼓吹唯物主义而受到通缉的著名思想家伏尔泰，伏尔泰的唯物主义在当时被所有基督教教派视为敌人，不论是天主教还是新教都把将它视为魔鬼，但在日内瓦，伏尔泰受到了日内瓦新教政权的庇护。
著名奥地利作家茨威格说︰“那些在别处因为不同的思想不同的信仰而饱受迫害的人们，最后，都在加尔文主义统治的地区找到了庇护所”。
茨威格实际上是厌恶新教而同情天主教的，但他对日内瓦国家的宗教自由局面的描写却很客观。
以后，随著加尔文主义在欧洲的扩展，欧洲爆发了多次加尔文宗与天主教之间的战争，最为著名的是三十年宗教战争。战争之后，在天主教无法消灭新教的情况下，欧洲逐渐开始了普及政教分离制度的过程。
美国的政教分离的原则和信仰自由的原则，来源于新教教徒的这种宗教信念。
作为新教徒创立的国家，在美国，主要的基督教教派都主张政教分离，除了沿袭了英国国教传统的圣公会以外，几大在殖民地有影响的教派如公理会、浸信会、卫理公会、再洗礼派等，都是政教分离的支持者。
美国的建国者们在制定宪法草案时规定︰“国会不会制定出一种推崇某种宗教或禁止信仰自由的法律”。在正式的宪法中也导入了政教分离的原则，这正是新教政教分离和信仰自由理念的政治实践。世俗历史学家贝雷（Thomas Bailey）看到了新教的信仰自由思想对美国宪法的影响，因此，在其关于美国建国史的巨著中，称马丁路德是“美利坚非直接的建国之父”。美国的社会学家施密特说，“建国者们确立政教分离的原则，不是因为在他们眼里宗教不重要，而是太重要了”。
现在，政教分离已经成为美国政治生活的一个基本原则和社会生活的一个习俗。除了福音派中的一些右派团体之外，一般美国人都能对政教分离的必要和原委有相当程度的理解。在前面的论述中，由于涉及到宗教教义，可能对一些读者来说比较难懂，如果除去难解的宗教教义，把美国人对政教分离和信仰自由的理解作一个通俗的描述，那么，可以描述成这样︰
由于新教使得美国人把信仰看成完全是上帝对个人的恩赐，因此，信仰在美国人看来也就是与政府无关的事情，是任何一个人或者团体都不能干涉的事情。政府在美国人看来，仅仅是人民雇来管理公共事务的公务机构，负责国防、治安、卫生等公务，也就是负责处理好人民世俗生活中的公务部分。如果这个公务机构还强迫百姓来信仰某个宗教或干涉百姓的信仰，那么，就是超越自己的职权范围并且在干涉公民信仰生活了。
这种感觉如果用中国人熟悉的词语来打个比方，就是，在美国人眼里，美国这个国家，相当于一个大的社区，人民是住在这里的业主，政府则是人民也就是业主雇佣来的物业公司。物业公司也就是政府主要负责修理和维护设施、打扫垃圾、保护社区安全等工作，信仰则是上帝赐给业主个人的恩赐，是居民个人与上帝之间的个人的沟通，因此，与这个物业公司毫无关系。假如这个物业公司还强迫或诱导业主来信仰某个宗教，如物业老板所信的某个教或某大法大功之类，那么，这个物业公司就是超越自己的工作范围行为荒诞而且不伦不类了。
这就是美国人对政教分离和信仰自由的感觉，也其实是政教分离和信仰自由的原则的本质。这种感觉在美国人身上已经内化为一种常识，内化为一种天经地义的道理，但如前所述，获得这种感觉和明白这个道理，则牵涉到长期的宗教教理之争和政治制度之争，花费了近千年工夫。
政教分离的原则起源于新教的宗教理念，没有经过新教的洗礼而接受现代政教分离政治制度的国家，往往把握不住这种感觉，要么有时政治家将信仰作为一种时髦来显摆，要么就冒犯政教分离原则而做出教化政治的举措。比如，日本的一些领导人，估计就没有理解政教分离的意义和本质，常常以公务身份如总理大臣等身份参拜靖国神社，并在国际场合解释这种行为的时候说“这是我个人精神上事情”，这听起来就有些滑稽，自相矛盾。如果以个人身份，那确实是个人问题，但因此就不应该以公职身份参拜。如果以公职身份参拜，就不是个人问题了，而是一种公务行为，是代表著这政府，这就违背了政教分离的原则，也就不是个人的精神的问题了。近来日本宪法又要允许政治家以公职参与一定的宗教活动，那就显得更缺乏对近代国家基本原则的理解，也就相当于让物业公司的人员在小区内以物业公司的名义从事宗教活动，那物业公司也就脱离了它的服务性和公务性本质，脱离了它的原来的宗旨，这将给日本国家的民主政治带来无穷后患。
政教分离和信仰自由的原则作为现代开明国家的立法原则一旦被确立，出人预料地表现出了它的现实的世俗功效，给政府带来了现实的巨大好处，这个好处就是︰政府因此得以专心致志地处理世俗事务，致力于社会管理和服务水平的提高，而不必卷入宗教的教义之争；或者因为偏袒某教派而导致国家在政治上和国土上的分裂。
这个好处体现在大英帝国身上，让世人一揽无遗。大英帝国作为新教国家，在殖民地国家执行了政教分离的政策，承认殖民地国家百姓的信仰自由，没有以政权强制力的方式去改变阿拉伯世界的伊斯兰教，也没有以政府强制力的方式让印度成为基督教国，因此，大英帝国不曾面临来自宗教上的反叛或其他压力烦恼，从而长期地维持了从北美洲到亚洲、再到阿拉伯半岛的广袤的日不落帝国。
政教分离和信仰自由的原则的这些现实功效，政治家们有目共睹，于是它们在近代开明国家之间迅速地普及开来，据此之故，世俗派学者认为这两个原则起源于近代政治的现代化和世俗化，是实现了政治的现代化并且和社会世俗化的国家的立法表现。但其实，如上所述，其真正的起源还是基督教宗教变革，反映的是宗教改革中产生的基督新教的理念，及其 “因信称义”的教义。
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分類：信仰与政治